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3C,4C,5C以及HiC測序技術都有些什麼不同?

辰星xztfi3b:3C技術最早是2002年Deker提出來的,目的是捕獲染色體的interaction,基本假設是,染色體中的interaction是以蛋白為介導的。那麼通過限制酶酶切,補平,連接,打斷,PCR後,如果染色體A,B兩點就相互作用,根據這兩點特意序列的引物就能PCR出產物,也就驗證瞭是有interaction的。但是可惜,每1對位點的驗證就需要設計1對特異性引物,很麻煩。
總結起來,就是3C,可以驗證1個點與1個點的相互作用,每1對相互作用需要1對引物。4C 因為3C過於麻煩,所以後來人們設計瞭雙酶切位點,然後通過成環的形式,保證瞭隻需要設計1對引物,就可以檢測1個位點對多個位點的相互作用,這就是4C,這個多出來的C是circle的意思。 總結起來,4C技術,可以驗證1個點與多個點的相互作用,因為根據這1個點設計,關鍵步驟是成環。5C技術是在4C的技術上,加瞭個tag標簽,導致可以檢測many-to-many的相互作用。沒啥說的。 Hi-C的基本步驟是,甲醛交聯,限制酶切,末端補平加biotin,平末端連接,超聲破碎,biotin富集,建庫測序。整個過程是沒有特異性引物存在的。而且依靠高通量的測序技術,Hi-C可以展現出,整個染色體all-to-all的互作關系。 總結起來,Hi-C,獲得all-to-all的互作關系。 ChIA-PET 如果關心Hi-C技術,就一定會關註到ChIA-PET技術,這個技術是用特異性抗體富集interaction信息。比如CTCF,比如pol II的抗體,然後類似的步驟,建庫測序。ChIA-PET的數據應該是Hi-C數據的一個子集。Capture-C,DNase-C等等,都是一些Hi-C的衍生技術。

迪jyeete0102:我們接觸到的很多生物信息學的技術,都是基於NGS技術的,比如RNA-Seq,ChIP-Seq,FAIRE-Seq,ChIA-PET,Hi-C等等。所謂的NGS就是Next Generation Sequencing,翻譯為“下一代測序技術”,或者是“第二代測序技術”。之所以這麼叫,是因為相比較於第一代測序技術其測序通量有瞭很大的提升。其實,二代測序比較常見的有羅氏454測序,Illumina等。但目前最為常用的NGS技術就是illumina測序技術,它能夠保證在幾十個小時內產生幾百G甚至上T的測序數據,完全能夠滿足高通量測序的通量要求。並且其測序準確程度也是完全能夠保證。我在這裡很決斷的說,在目前高通量測序的科研領域,Illumina測序絕對是主導地位的,幾乎沒有其他的公司可以撼動它。

小美872263c36faa:他們的原理都是差不多的,首先都是先交聯(Crosslink), 然後在通過一系列的處理,測序,找出來那些地方(loci pair)之間被交聯的比較多,來推測染色體的3D結構。3C最早,隻能做某一些特殊點的,4C把范圍擴大瞭一些,到HiC,可以給出整個染色體上所有loci之間的相互作用瞭。後來發現,HiC因為范圍大,需要測序的深度太深,但是大部分信號都是沒用的,所以就找出一部分關鍵點來,就是後來的各種XXXHiC和ChIA-PET。3C和XXXHiC, ChIA-PET其實都是HiC的子集,區別是,3C對功能來說,算是隨機的子集,因為技術水平不夠,哪裡能測就測哪裡。後來的XXXHiC和ChIA-PET,技術水平已經超過HiC,為瞭省成本,是哪裡重要測哪裡

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